Branderode liegt mit seiner Flur im älteren Flößgebirge an einem Bach, dem Sachsengraben. Die Flur ist bergig und der meist trockene Boden wird aus Ton, Lehm und Hasselerde mit Kalkstein gemengt, gebildet. Die Waldungen bestehen aus Buchen und Eichen.

Branderode hat bis heute seinen dorftypischen Charakter behalten und ist landwirtschaftlich geprägt. Mit seinen wunderschönen alten Fachwerkhäusern aus dem 18. Und 19.Jahrhundert wurde Branderode 1995 Flächendenkmal. Die alte Poststraße von Nordhausen nach Osterode führte durch den Ort.

Im 9. Jahrhundert kommt Branderode unter dem Namen Hadebrandesrode vor und war alter Besitz der Grafen von Klettenberg. Fulda weist in einer Urkunde von 874 ausgestellt nach, dass er ein Recht habe, den 10. (eine damals übliche Zinsabgabe) von Branderode zu verlangen. Es kann davon ausgegangen werden, dass die eigentliche Dorfgründung zwischen 865 bis 870 liegt.
Der Franke "Hadubrand", wohl ein Ritter, aber germanischer Abstammung, im fränkischen Dienst, kam in diese Gegend, nach ihm wurde der Ort benannt.

Einer der Grafen von Klettenberg, Conrad, schenkte 1253 dem Kloster Walkenried, weil er das Kloster einst benachteiligt hatte, eine Hufe Land mit Hof und Garten in Branderode, das hier bereits seinen jetzigen Namen führte. Ferner schenkte er 1255 dem genannten Kloster die Kirche in Branderode, welche von ihrem Pfarrer verlassen worden war. Bald darauf verkaufte er das Dorf 1257 an die Grafen von Hohenstein. 1525, unter der Regierung des Grafen Ernst von Hohenstein, traten die Unruhen des Bauernkrieges auch bis in die hiesige Gegend. Im Jahre 1648 gehörte Branderode zum Bistum Halberstadt und kam mit diesem an das Kurfürstentum Brandenburg - Preußen, nachdem vorher die Grafen Hohenstein ausgestorben waren. Von 1652 - 1704 wurde Branderode von Preußen an die Fürsten von Sayn-Wittgenstein verpfändet. In den Jahren 1761 - 1962 litt Branderode sehr durch die französische Einquartierung. 1815 wurde die Provinz Sachsen gebildet und Branderode dem Kreis Nordhausen zugeteilt, welcher später den Namen Kreis-Grafschaft Hohenstein erhalten hat. Von 1840 - 1870 war die Blütezeit der Heimweberei und das Aufbereiten des Flachses, außerdem wurde eine Gipsfabrik in der Gemarkung Branderode (Kutzhütte) im Jahre 1889 eröffnet.

Der Ort Branderode weist in seinem Wappen auf das traditionelle, den Ort prägenden Leinenweberhandwerk hin. Dies wird insbesondere durch die zwei Weberschiffchen verdeutlicht. Die Flachsblüten stehen für die mit der Leinenweberei verbundene Rohstoffgewinnung, den Flachsanbau.

Die Entwicklung wurde nach 1945 vor allem durch seine Lage unmittelbar an der Grenze zwischen den beiden deutschen Staaten geprägt. Die damit verbundenen Probleme wurden schon sehr frühzeitig erkannt. So heißt es z. B. in einem Schreiben des Bürgermeisters der Gemeinde an den Landrat in Nordhausen vom 28. August 1945:

"Im sogenannten ´Niemandsland´ liegen ca. 125 ha von Branderode aus bewirtschafteten Äckern und Wiesen. Diese dürfen z. Zt. noch unter Benutzung besonderer Erlaubnisscheine betreten und abgeerntet werden. ... Erlaubnisscheine müssen jeden Abend in der Zeit von 20 bis 22 Uhr einem russischen Schreiber zur Eintragung des Datums des folgenden Tages und jeden Morgen in der Zeit von 8 bis 9 Uhr demselben Schreiber zur Unterschrift vorgelegt werden. Der Gipsfabrik Kutzhütte fehlt der Bahnanschluß, um Gips ab- und Kohle anfahren zu können. Das Verwaltungsgebäude der Fabrik mußte geräumt werden, da es nahe der Grenze liegt. Im Gemeindewald "Mehholz" liegen noch ca. 75 m³; Brennholz für die Einwohner Branderodes, das als Wintervorrat dringend benötigt wird. ... Das Holz kann nicht abgefahren werden, da das Betreten des Waldes z. Zt. verboten ist. Die Anfuhr von Kohle und Kunstdünger ist nicht möglich, da der Güterbahnhof Walkenried in der englischen Zone liegt. Die Straße nach Woffleben über Obersachswerfen und Gudersleben ist gesperrt. Der Umweg über Holbach, Günzerode, Mauderode, Gudersleben ist sehr zeitraubend und mangels Pferdegespannen für Branderode auf die Dauer nicht durchführbar. ... Da Bad Sachsa im englischen Gebiet liegt, ist es für die Einwohner Branderodes unerreichbar. Telefonverbindung besteht nach keiner Seite hin. Die Verbindungen zu den Banken und Sparkassen sind abgerissen, und es besteht keine Möglichkeit, Bargeld für den täglichen Bedarf abzuheben, zumal viele Einwohner ein Girokonto bei der Städtischen Sparkasse in Bad Sachsa haben. Der Weg nach Nordhausen führt über Holbach, Günzerode, da keine Bahnverbindung besteht. Die nahegelegenen Bahnhöfe liegen in der englischen Zone. ..."

Die unmittelbare Lage von Branderode im "Grenzgebiet" führte in den folgenden Jahrzehnten zu großer Abgeschiedenheit. Der Ort war nur mit einem "Passierschein" zu erreichen.